مرتضوی در دو پرونده مطرح با عناوین «کهریزک» و «تامین اجتماعی» دارای اتهامات متعدد است؛ البته پرونده وی در خصوص سازمان تامین اجتماعی دو بخش دارد. پرونده نخست در رابطه با حادثه کهریزک و پیرامون قتل‌هایی بود که شکات خصوصی شکایت کردند، دادگاه قتل عمد تشخیص داد و مباشرین را محکوم کرد، اما چون رضایت دادند، قصاص انجام نشد و از باب جنبه عمومی تحمل کیفر کردند.